Тус аймаг нь уул, тал, хөндий, уужим, тавиун хотгор, хонхор хосолсон газрын гадаргуутай. Аймгийн нутаг дэвсгэр нь газрын дүрс мужлалын хувьд алтайн уулархаг их муж, Говийн их мужид хамаарах бөгөөд байгалийн бүс, бүслүүрийн хувьд гол төлөв говь, цөлийн бүсэд оршино. Мөн бага хэмжээгээр хээр тал болон өндөр уулсын босоо буюу тагийн бүслүүр тархсан байдаг. Говь-Алтайн нутаг дахь уулсууд дөрөвдөгч галавын Альпын атраатлын бүр сүүлээр тогтсон хийгээд тектоник хөдөлгөөний хүч их байсанучраас өндөр болон сүндэрлэжээ. Тийм ч учраас аймгийн нутгийн Хасагт хайрхан зэрэг өндөр уулст одоогоор 600 сая жилийн өмнөх үеийн мөстлөгийн ор мөр бүхий бул чулуунууд илэрсэн нь дэлхийн геологийн шинжлэх ухаанд шинэ нээлт болжээ. Эдгээр уулсын ар өвөр өргөн уудам говь тал, хотгор, хонхорууд оршдог. Тус аймгийн гадаргын хотгор гүдгэрт талархаг хэлбэр голлох бөгөөд өөрөөр хэлбэл, сүүлийн үеийн уул тогтох хөдөлгөөнд нөлөөлөгдөөгүй дунд төрмөлийн эриний талархаг гадарга хэвээр хадгалагдан үлдсэн аж. Шинэ усны болон Халиун, Бигэр сумын болон Алтай сумын нутаг дахь Хайч уул, Улаан ганга, Ээж хайрхан уул, Бугат сумын нутаг дахь бунгийн гол зэрэг газруудаас папеогенийн гавалын үеийн аварга хирсний аймгийн шим үлдэгдлүүд олдсон байна. Ялангуяа шаргын говиос ногенийн гавалын үеийн миоценийн бүлгийн амьтан болох шувуу, эх газрын дун, хясаа, эртний заан болон плиоценийн бүлгийн амьтан болох эртний адууны аймгийн зэрэг шим үлдэгдлүүд нэг газраас цогцолбор байдлаар олдсон нь палеонтологийн шинжлэх ухаанд онцгой сонирхол татах аж. Мөн Халиун, Бигэр сумын нутгаас неогенийн гавалын миоценийн үеийн эртний зааны болон адууны аймгийн шим үлдэгдлүүд олдсоныг дурдууштай. Монголын нэрт газарзүйн академич С.Цэгмэд Говь-Алтай аймгийн гадаргын хэв шинжийг “нутгийн өмнөд ба хойт талаар бэсрэг уулын хэв шинжтэй бөгөөд нутгийн хойд хэсгээр Алтайн ар говийн цав толгод, нутгийн дунд хэсгээр Монгол ба Говь-Алтайн уулт тогтолцоо, нутгийн өмнөд хэсгээр Алтайн өвөр говийн цав толгод” гэсэн мужууд байна хэмээн тодорхойлсон байна. Томоохон говь, хотгор хонхоруудын гадаргын үнэмлэхүй өндөр 743-1100 орчим метр, өөрөөр хэлбэл далайн түвшингээс дээш дунджаар 1000 гаруй метр өргөгдсөн Хүйс, Шарга, Захуй, Зарман, Отгоны, Шаралдайн, Номин, Загт сайрын, Хар сайрын, Зүүн гарын, Талын, Нарансэвстэйн, Төхөм, Цагаан дэрс, Шалын, Улаан шалын хоолой, Хонин ус, Бигэр, Халиун зэрэг Монголын нэрд гарсан 33 говийн 10 гаруй нь оршдог. Эдгээрээс хамгийн нам өндөрлөгтэй нь Цэнхэр номингийн говь /583 м/ юм. Алтай нутагт Монгол алтайн гол нурууны үргэлжлэл болох Мянган угалзтын нуруу, Бүс хайрхан, Алаг хайрханы уулс, Их хүрэн, Баян-Өндөр уул, Хар азаргын нуруу, Бурхан буудай уул, Гичгэний нуруу зэрэг үзэсгэлэнт сайхан уулс, Тонхил, Бугат, Төгрөг, Халиун, Цээл, Цогт, Бигэр, Эрдэнэ, Дэлгэр сумдын нутгаар дамнан сүрдэрлэнэ. Энэ гол нуруунаас зүүн урагш Монгол Алтайн нурууны урд талын томоохон салбар Аж богдын нуруу Бугат, Алтай сумын нутгийн дундуур цэнхэртэн харагдана. Монгол Алтайн нурууны хойд талын хоёр дахь салбар Төрийн тахилгат Сутай хайрхан Тонхил сумын нутагт чухамхүү хоёр аймгийн дөрвөн сумын нутгаас сүндэрлэнхэн гялалзана. Эндээс зүүн тийш Шаргын говийн зүүн хойд талаар Монгол Алтайн гол нурууны дөрөвдэх салбар болох Хасагт хайрхан, Хан тайшир, Сэрхийн нурууд, Баян-Уул, Шарга, Тайшир, Бигэр, Дэлгэр сумын нутгаар баруун хойноос зүүн урагш чиглэн сүндэрлэнэ. Монгол Алтайн нурууны өврийн нэгэн салбар болох Таянгийн нуруу үзэсгэлэнт Ээж хайрхан уулаар дамжих ба түүнээс зүүн урагш Цогт, Эрдэнэ сумын нутгаар дайрсан Идрэнгийн нуруу багагүй урт үргэлжилнэ. Идрэнгийн нуруунаас бүр урагшаа Атас богд, Ингэс, Ботгос уул Алтайн євєр говийн цаадах зэрэглээн дунд сүүмэлзэнэ.

Аймгийн хамгийн єндєр мєнх цаст Сутай хайрхан уул далайн тєвшнєєс дээш /д,т,д/ 4090 метр єндєр бєгєєд їїнээс гадна Аж богд /3802 м/, Бурхан буудай /3765м /, Алаг хайрхан /3738 м/, Хасагт хайрхан /3578м /, Бүс хайрхан /3393 м/ , Буга хайрхан зэрэг байгалийн үзэсгэлэнт єндєр уулс оршино.

Байгалийн унаган төрх, түүх соёлын дурсгалт зүйлс,  нэн ховор, ховор амьтан, ургамал, тэдгээрийн тархац нутгийг хамгаалах, газрын доройтлыг нөхөн сэргээх зорилгоор аймгийн нийт нутаг дэвсгэрийн          4212624,3 га буюу 29.78 % нь улсын тусгай хамгаалалттай газар нутагт,  1765137.23  га талбай буюу 12.47 %-ийг  нь орон нутгийн тусгай хамгаалалтад тус тус аваад байна. Улсын тусгай хамгаалалттай газар нутгийг хамгаалах, судалгаа шинжилгээ явуулах, экотуризм хөгжүүлэх зорилгоор Говийн их дархан цаазат газрын А хэсгийн хамгаалалтын захиргаа, Говийн их дархан цаазат газрын Б хэсгийн хамгаалалтын захиргаа, Монгол элсний УТХГН-ийн хамгаалалтын захиргаад үйл ажиллагаа явуулж байна.

Алтай хотоос сумдруу явах км